Økologiske producenter søger at tilgodese nyttedyr gennem den mest hensigtsmæssige indretning af dyrkningsarealet med bla. flerrækkede læhegn. Dette tiltrods kan der over den 10-12 årige produktionstid komme angreb af skadedyr. Mindre angreb på få træer kan løses gennem sanering (skovning og bortskaffelse af de skadede træer), mens større og alvorlige angreb, som kan få fatale økonomiske konsekvenser for produktionen kræver bekæmpelse.
I modsætning til de konventionelle juletræsdyrkere må økologiske juletræsproducenter ikke bruge (selektive) syntetiske bekæmpelsesmidler, men er henvist til naturligt udvundne stoffer, som har en bekæmpende virkning. Sådanne stoffer kræver (også) godkendelse og findes på bilag 2 i vejledningen om økologisk jordbrug. Desværre er mange at de naturligt udvundne bekæmpelsesmidler mindre effektive og ikke selektive i deres virkning, hvorfor nyttedyr ofte også bliver bekæmpet med de til økologien godkendte bekæmpelsesmidler.