Som økologisk producent er det forbudt at bruge kunstgødning. Det skyldes ønsket om recirkulering af næringsstoffer og en reduktion af de store energimæssige omkostninger, der er i forbindelse med fremstilling af kunstgødning. Ønsket om i videst muligt omfang at begrænse næringsstofberigelsen af grund- og overflade vand vejer også tungt. I stedet kan der bruges gødning fra husdyr, kompost og andre organiske materialer, og der findes også økologiske organiske NPK-gødninger på pilleform. Kvælstoffikserende dækafgrøder kan også være en kilde til kvælstof.
Frigivelsen af næringsstoffer fra organiske gødninger er relativt langsom, og derfor skal man sikre, at gødningen kommer tidligt nok ud i foråret, typisk i marts-april måned, hvor konventionelle producenter gødsker i april-maj. Ved at gødske ad to gange, forår og midt i vækstsæsonen, kan man forøge træernes mulighed for at optage næringsstofferne og samtidigt reducere udvaskningen.
Ved at have husdyr gående i kulturerne, fremmes omsætningen af næringsstofferne i jorden, så der vil være en større tilgængelig pulje for træerne. Der vil dog også ske en større udvaskning af næringsstoffer, og det er vigtigt at huske at der kun tilføres næringsstoffer til arealet, hvis dyrene får tilskudsfoder.
Når der udtages næringsstoffer med træerne ved høsten fjernes der permanent næringsstoffer fra arealet. også i økologisk produktion er det vigtigt at kompensere herfor, hvis produktionen skal være bæredygtig.
Mekanisk jordbearbejdning, f.eks. i forbindelse med ukrudtsbekæmpelse, forøger også frigivelsen af næringsstoffer, hvilket kommer træerne til gode, hvis næringsstofferne ikke udvaskes.
Omkostningen til gødskning er typisk en del større i økologiske kulturer end i konventionelle. Det skyldes både dyrere gødning og større udbringningsudgifter.
