I produktionen af bæredygtige naturtræer bruges kun få planteværnsmidler, der har været underlagt en streng godkendelsesproces med fokus på rent grundvand. Plantebeskyttelsesmidlerne opbevares, håndteres og forhandles forsvarligt.
Kun uddannet personale må arbejde med planteværnsmidler, og færdighederne skal opdateres hvert 4. år. Håndtering af planteværnsmidlerne foregår med den største agtpågivenhed, så spild undgås og kun godkendt udstyr anvendes til udbringningen.
Al brug af planteværnsmidler er underlagt IPM-principper om substitution til mindre skadelige alternativer og brug af behovsbestemt anvendelse.
Der stilles krav om årlige indberetninger af forbrugte planteværnsmidler.